对于崇祯前面提出的复员制度，军政、军令分离制度，孙承宗等几人还能接受，毕竟这些制度还是有利于朝廷掌控军队的方式。
不过设置一个专门的机构对军队进行思想文化教育，并且把忠君报国的口号变成保家卫国，让他们下意识的就提出了反对。
茅元仪就首先发难道：“陛下，您之前刚刚说过军队不需要进行判断，需要进行判断的是陛下和内阁及本兵。但是现在您又说，要对军士进行思想文化教育，好让他们有足够的判断能力，这是不是太过于矛盾了？”
朱由检身体前倾，手肘支在桌面上，双手互握挡在了下巴前方。他绞尽脑汁思考着，和这些文官谈事就这点不好，他们总是喜欢寻根究底，而不是毫无怨言的去执行自己的命令。
“这么说吧，总参谋部和军队的统帅不需要进行战略上的判断，因为他们所处的位置，有足够的权力去实现自己的判断，这显然不符合朕和兵部统帅军队的规定。
所以朕要求总参谋部和军队中的统帅，不需要对战略进行判断。他们只需要把可能性，及猜想的后果列举出来，以供朕同兵部进行选择就可以了。
而朕需要军队中的普通军士及低阶武官有一个基本的认知，就是他们所做的一切，都是为了保卫这个国家和他们的家人。
有了这样的认知，他们自然不会在战场上背叛大明或是逃亡，或是被某些野心家操纵，对抗朝廷的命令了。
换句话说，军队要有自己的基本判断，又不能有自己的判断，这是一个矛盾而又统一的命题。朕希望，你们不必被这个命题所迷惑住。”
除了尤世威和吴怀之外，其他人都听明白了崇祯的意思。对于这些文官来说，崇祯的这种说法很绕，但是并不难理解。
崇祯说了一大堆，中心意思只有一个，皇帝需要一只完全效忠于自己的军队，但却冠上了保卫国家的名义，能代表这个国家的难道不是崇祯自己吗？
理解了这一点之后，几位官员也就释然了。崇祯想要通过总参谋部控制新军，而他们只需要掌握住总参谋部这个组织也就足够了。
袁崇焕显然意识到了总参谋部成立中蕴藏着的巨大机遇，他主动向崇祯请求道：“陛下，臣非常愿意参与组建新军参谋部的工作。”
“不，你不行。”朱由检几乎是下意识的反对道。
不仅是袁崇焕，茅元仪、孙元化等人都对崇祯如此大的反应感到意外。
孙承宗觉得自己应当站出来替弟子说几句好话，他诚恳的对崇祯说道：“袁自如久任军伍，对于军阵之事较为娴熟，由他筹集这个新军参谋部，想必不会出什么问题，臣还愿意推荐鹿善继一起参与组建新军的参谋部。”
无法把孙承宗等文官排斥出总参谋部，朱由检也只好接受这
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